Der NextSeq 1000 von Illumina bietet diverse Anwendungsmöglichkeiten zur Hochdurchsatz DNA- und RNA-Sequenzierung.
Weitere Informationen finden Sie auf den Seiten der Core Facility Imaging (CFI).
- Transkriptomanalyse mittels RNA-seq (mRNA, lncRNA, medium-sized RNA, smallRNA)
- Translationskontrolle mittels Ribo-seq
- Bindungsanalysen mittels ChIP- und CLIP-seq
- Genomanalyse mittels Whole Genome-seq oder Exom-seq
- Oxford Nanopore DNA-/RNA-Seq-Daten
- Qualitätskontrolle der Rohdaten
- Entfernen der Adaptersequenzen und Qualitätstrimming
- Mapping (Zuordnung der Reads zu bekannten Referenzgenomen)
- Annotation (Zuordnung gemappter Reads zu bekannten Genen)
- Bestimmung der Readcoverage
- Normalisierung (bzgl. RNA-Komposition, Transkriptlänge, differentieller Expression etc.)
- Bestimmung differentiell exprimierter Gene
- Korrelation von mRNA zu miRNA Expression (inkl. Targetanalysen)
- Bestimmung der Expression alternativer Isoformen (z.B. aufgrund Alternativen Splicings)
- Quantifizierung der Translationseffizienz (Ribo-seq)
- Auswertung von Bindungsprofilen (ChIP- und CLIP-seq)
- Bestimmung von Effektor-Pathways mittels gene annotation enrichment analysis (GAEA) und gene set enrichment analysis (GSEA)
- Metagenanalysen, Einbeziehung "öffentlicher Daten" (z. B. TCGA) und weiterführende Analysen auf Anfrage
- Unterstützung für Oxford Nanopore Sequenzierung
- Optional Library Preparation (barcoded)
- Auswertung
Entgeltliste zur Auswertung und für weiterführende Analysen von NGS-Daten auf bekannten Genomen.
| Leistung | Med. Fak. | MLU (nicht Med. Fak) | Abrechnungseinheit (AE) |
| Beratungsgespräch | 30€ | 50€ | pro Gespräch |
| Qualitätskontrolle small RNA (RIN) | nach Verbrauch | nach Verbrauch | pro Chip (max. 11 Proben/Chip) |
| Qualitätskontrolle RNA (RIN) | nach Verbrauch | nach Verbrauch | pro Chip (11-12 Proben/Chip) |
| Primäre Analyse | 10€ | 20€ | pro 20 Mio. Reads¹ |
| Sekundäre Analyse | 25€ | 30€ | pro Analyse |
¹ Pro begonnener Abrechnungseinheit.
Aufbewahrung der Daten für 3 Monate.